En un terreno tan extenso y diverso como el de Alía, donde predominan la sierra y el monte bajo, acompañado de la dehesa, la variedad florística autóctona llega a ser impresionante.
El ecosistema principal es el bosque mediterráneo, compuesto por quejigos, robles, enebros, acebuches, encinas, alcornoques, acompañados en el monte por madroños, jaras, retamas, brezos, madreselvas, tomillos, lentiscos, labiérnagos, cornicabras...
Podemos disfrutar de bosques de alisos, fresnos, chopos y loros, junto a acebos, arces, castaños, nogales, madroños, durillos, etc.
En definitiva, Alía, dentro de su espacio territorial, conserva un amplio reparto de especies endémicas, de la cuales destacaremos lo más importante: la jara, la encina y el alcornoque.